Kapoeiros šaknys slypi Afrikoje, kur įvairių kovos menų ir šokių tradicijos buvo atvežtos į Braziliją su vergų laivais. Brazilijoje šios tradicijos susiliejo, sukurdamos unikalų kovos meną – Capoeira. Tai yra neatsiejama Brazilijos kultūros dalis, turinti tiek afrikietišką, tiek brazilišką kilmę.
Nuo XVI a. pradžios iki XIX a. pabaigos Portugalijos vergų prekeiviai grobdavo žmones iš Vakarų Afrikos pakrančių ir veždavo juos į Brazilijos plantacijas. Čia jie susidurdavo su sunkumais ir grėsmėmis, tačiau po darbo dienos rinkdavosi šokti ir dainuoti. Vyrai šoko ritualinius kovos šokius, kurie greitai peraugo į kovines treniruotes, maskuojamas choreografiniais elementais, siekiant apsiginti nuo vergvaldžių. Šios treniruotės dažnai vyko prie ugnies, kai stebėtojai dainavo, plojo rankomis ir grojo būgnais pagal berimbau ritmą. Taip vergvaldžiai neįtarė, kad vergai ruošiasi pasipriešinimui.
Vergų troškimas išsilaisvinti augo ir jie ėmė burtis į sukilėlių-partizanų grupes, vadinamas quilombos. Didžiausia grupė buvo Palmares, kuriai vadovavo Zumbi dos Palmares – drąsus kovotojas, dabar garbinamas kapoeiros dainose kaip herojus.
1888 m. Brazilijoje buvo panaikinta vergija, tačiau buvę vergai liko be galimybių integruotis į visuomenę. Daugelis jų naudojo kapoeira kaip išgyvenimo priemonę, tačiau 1890 m. šis kovos menas buvo uždraustas, ir jo praktikuotojai buvo persekiojami. Kapoeira traukėsi į pogrindį, bet vis tiek toliau vystėsi ir tobulėjo.
Mokytojo Bimbos (Mestre Bimba) dėka, kapoeira buvo pripažinta teisėtu kovos menu. Po viešos demonstracijos prezidento Getúlio Vargas valdymo laikotarpiu, 1934 m. kapoeira buvo išbraukta iš baudžiamųjų nusikaltimų sąrašo ir tapo svarbia Brazilijos kultūros dalimi.
Kapoeiros populiarumas nuolat augo, ir dabar ji yra praktikuojama visame pasaulyje. 1970 m. kapoeira buvo pristatyta JAV, o šiandien ji praktikuojama Europoje, Azijoje, Afrikoje ir kituose regionuose. Kapoeira simbolizuoja laisvę ir yra plačiai mokoma įvairiose mokyklose, taip pat vyksta daugybė tarptautinių varžybų ir renginių, skirtų šio kovos meno puoselėjimui ir sklaidai.